Cuento taxonómico tolkiano: moraleja

Este post es un coñazo de mucho cuidado para la mayor parte de mis lectores, avisados quedáis, pero de vez en cuando toca sacar la pipa y el monóculo y ponerse a hablar de cosas serias como si se supiese algo. También me consta que una parte de los lectores lo considerará interesante y espero que haya debate, cuchillos afilados y sangre para animar un poco el cotarro.

Me había dejado en el tintero la moraleja (y verdadero propósito) del cuento de taxonomía tolkiana que al parecer tanto os gustó. No habrá pasado desapercibido que el cuento viene a ser una interpretación libre sobre la historia de la taxonomía y algunos de sus saltos conceptuales. Me interesaba especialmente que se entendiera la sensación de sorpresa y desconcierto que provoca una “revolución taxonómica” del tipo “poner juntos a los orcos con los elfos” y las posibles reacciones de la comunidad científica. Sibilinamente pretendía sugeriros que el “nuevo paradigma” que arroja el Silmarillion son las molonas técnicas de filogenia molecular, como alguno en los comentarios insinuó.

Y es que resulta, amigos del blogoplancton, que vengo comprobando la existencia de una asociación de ideas muy curiosa que tiene mucha gente y que viene a resumirse como sigue:

Taxonomía clásica: chusta acientífica, fruto de la intuición, gobernada por cuatro vejestorios inmovilistas a los que sólo les interesa encontrar diferencias mínimas para publicar nuevas especies con su nombre.

Filogenia molecular: cosa molona supermoderna, rigurosa, cientifiquísima y objetiva que ha revolucionado y tirado por tierra el trabajo de los taxónomos.

Izquierda, caca, derecha, guay

Para respaldar esta afirmación, pego algunos fragmentos encontrados en comentarios de distintos posts de este bloj y otros. Como están sacados de contexto, ya que soy un sucio manipulador, no daré nombres:

La taxonomía me pareció siempre una ciencia de segunda categoría

los taxonomos modernos están recurriendo cada vez mas a los caracteres moleculares en vez de libros tremendamente densos… esos caracteres subyacentes y “mas importantes” vendría ser la información genética

Como fan declarado del Silmarillion y gran desconfiante de las técnicas taxonómicas, lo he encontrado muy acertado.

La taxonomía es como los culos: todo el mundo tiene uno.

la linea de separación entre dos especies diferentes no deja de ser arbitraria en función del o de los criterios adoptados. Ni aún basandonos en criterios morfológicos mas o menos evidentes deja de ser una postura digamos que aventurada

a la gente le gusta ser el descubridor de una nueva especie, subespecie, o forma, y ponerle el nombre dedicado a su cuñao o a su mujer, por lo que hay descritas muchas más especies de las que debería

(esta es buenísima) Son los propios taxónomos ‘muy analíticos’ los que describen especies y son los propios taxónomos ‘muy sintéticos’ los que las invalidan, y visto desde fuera, lo siento pero da la impresión de que el asunto es demasiado arbitrario, caprichoso y sujeto al cristal taxonómico de quien lo mire, y dan ganas de quedarse con la clasificación china de Borges, ya sabes, los animales se dividen en:
a) pertenecientes al Emperador, b) embalsamados, c) amaestrados, d) lechones, e) sirenas, f) fabulosos, g) perros sueltos, h) incluidos en esta clasificación, i) que se agitan como locos, j) innumerables, k) dibujados con un pincel finísimo de pelo de camello, l) etcétera, m) que acaban de romper el jarrón, n) que de lejos parecen moscas.

Dejemos de lado que el asunto de delimitación de especies tiene una vuelta de tuerca más (que como ya he prometido infinidad de veces, queda para un post futuro), creo que esto es suficiente para mostrar lo que quiero decir.

Bien, muchos de vosotros propusísteis diferencias entre el cuento y la historia real de la taxonomía que no era lo que yo quería decir pero que estaban muy bien fundamentados (recuerdo el comentario de Malabbadon y Campanilla, aunque creo que había más). Sin embargo, a lo que yo iba es a que, mientras que en el cuento el Silmarillion es una fuente definitiva e incontestable, en la vida real la filogenia molecular NO es definitiva y NO es una prueba incontestable. En ausencia de máquinas del tiempo es virtualmente imposible poder afirmar que una filogenia es “la güena” como sí pudieron hacer los taxónomos de la Tierra Media en el cuento.

Es más, en este post me propongo demostraros que, en el fondo, la filogenia molecular se enfrenta con el mismo problema esencial que la taxonomía clásica. Abrocháos el cinturón.

Críticas y alabanzas a la taxonomía clásica:

Empezaré diciendo que comparto en gran medida algunas de las frases que he citado arriba. Entiendo perfectamente que la gente crea que la taxonomía es un cachondeo y un despiporre, porque conseguir acuerdos es complicado. Esto es así porque la taxonomía, insisto, es una disciplina esotérica. Exige una iniciación, exige una inmersión en el problema que genera “ojo clínico” (criterio experto) en el taxónomo y le capacita para opinar con autoridad (errada o no) sobre el problema en cuestión. El problema, evidentemente, es que el esoterismo se da de leches con el espíritu científico. Es muy difícil convencer al mundo de una clasificación taxonómica porque la elección de caracteres, sea ésta más o menos fundamentada, siempre acaba siendo subjetiva. Pese a todo la comunidad científica acaba haciendo asunciones sobre los criterios expertos de los taxónomos especialistas ya iniciados ¿Quiero decir que la taxonomía es una disciplina acientífica? No, no lo creo así, pero es cierto que su método basado en el criterio experto es muy cuestionable. No voy a profundizar más en esto, porque parece ser que todos lo entendéis bastante bien.

Sin embargo, lo que nadie parece recordar es que, haciendo balance, la historia de la taxonomía clásica es la historia de un rotundo éxito. Es cierto que la filogenia molecular ha provocado verdaderas revoluciones en la clasificación y los taxónomos se tiraron de los pelos al ver a los orcos junto a los elfos (o a los nemátodos junto a los artrópodos, que viene a ser lo mismo) pero, en la inmensidad del árbol de la vida, la anatomía comparada acabó acertando en la mayoría de las ocasiones: los coleópteros siguieron siendo coleópteros, las gramíneas, gramíneas, los cirrípedos son crustáceos aunque no lo parezcan, los tuataras no tienen nada que ver con los cocodrilos ni con los lagartos, y el ornitorrinco es un mamífero aunque ponga huevos y tenga pico. Puede parecer una perogrullada, pero la base taxonómica construida con siglos de anatomía comparada y debate fue sorprendentemente sólida. Muchas veces ha bastado con una reinterpretación de los caracteres para que ambos puntos de vista (morfológico y molecular) encajaran armoniosamente. Si se destacan las revoluciones es porque, nos guste o no, el contexto global ha sido de verificación del mapa taxonómico que se manejaba en la segunda mitad del siglo XX en un porcentaje nada desdeñable. La constatación es la norma, la revolución, la excepción. Cuando se aplicó masivamente la filogenia molecular no se tiró abajo el edificio y se empezó de cero, sino que se hicieron reformas donde hacía falta. Pocas veces lee uno un reconocimiento de este trabajo.

Cuvier, ¡el hombre!

En resumen: pese a que la taxonomía clásica acaba se basa en gran parte en el “critero experto”  y “asunciones“… funciona mucho más frecuentemente de lo que se piensa.

Alabanzas y críticas a la filogenia molecular:

Empezaré diciendo que la posibilidad de usar secuencias de macromoléculas como fuente de información filogenética fue una genialidad. De repente, los científicos disponían de cantidades masivas de datos que eran independientes de la taxonomía clásica y por lo tanto ofrecían un punto de vista nuevo. Como he dicho antes, estos árboles filogenéticos moleculares corroboraron grosso modo la taxonomía existente aunque en multitud de ocasiones arrojaron y continúan arrojando resultados sorprendentes y revolucionarios. Por desgracia, tanto la inercia intelectual de la “vieja escuela” como la borrachera de éxito de los laboratorios punteros condujo a un “bipartidismo” bastante pernicioso que, como veremos, está abocado a desaparecer.

Entomólogo a la vieja usanza que asiste fastidiado a una lluvia de nucleótidos que, por desgracia para él, no iba a parar.

La filogenia molecular MOLA MAZO, eso lo sabemos todos, pero echo en falta que se le hagan ciertas críticas, quizá por el desconocimiento de quien lo ve desde fuera.

Los datos para una filogenia molecular proceden de lo que se llama un alineamiento. Una matriz de datos en la que las columnas representan posiciones homólogas en una secuencia (por ejemplo, de ADN) y las filas son las secuencias de los taxones escogidos para el análisis. Tiene un aspecto tal que así:

El alineamiento lo es todo. Cuesta mucho conseguirlos, ya que hay que extraer ADN de cada una de las muestras, amplificar lo que nos interesa, secuenciar, etc. Alinear las secuencias para construir la matriz es un proceso delicado y muy relevante. Se sabe que diferencias aparentemente mínimas en el alineamiento conducen a resultados significativamente diferentes. Hay programas de ordenador que te hacen el alineamiento, pero si repasas las publicaciones sobre el tema, la mayoría de los especialistas corrijen manualmente el resultado del programa. ¿Qué criterio sigue el moleculólogo de turno para ajustar el alineamiento? Hacer bien o mal un alineamiento, amiguitos, lo da la experiencia, es decir, que no hay ningún criterio objetivo por el que un ajuste sea mejor que otro más allá del criterio experto. Primera sorpresa.

El siguiente paso es elegir un modelo de evolución molecular, que es una matriz probabilística de mutación entre nucleótidos. Hay muchos, muchísimos para elegir, y de nuevo la elección no es trivial y afecta en el resultado. ¿Cómo se escoge el modelo? La mayoría de los investigadores emplean programas de ordenador que estiman qué modelo es más probable basándose en el propio alineamiento. Es decir se asume que, según tu matriz de datos, las probabilidades de mutación que puede dar como resultado tu propia matriz de datos encaja mejor con el modelo tal. A mí esto de seleccionar el modelo probabilístico basándose siempre en la misma matriz me ha parecido bastante circular, pero es una asunción que se hace sin problemas.

Seguidamente se elige un método para averiguar la filogenia. Esto es muy divertido, porque hay escuelas que se dan de leches porque piensan que un método es mejor que el otro. ¿Cuál escoger? Lo mejor es usarlos todos, pero en caso de duda… lo vais pillando, ¿no? Criterio experto.

El programa informático empleado nos dará, normalmente una cantidad obscena de distintos árboles filogenéticos de probabilidades similares. Escoger uno u otro dependerá de nuestro criterio experto, o bien podemos emplear distintos métodos para elegir el árbol consenso. ¿Qué método emplear? ¡Todos juntos! ¡Criterio experto! (Esto por no decir que muuuuuchas veces se escoge, simplemente el que mejor se ajusta a lo que se quiere obtener siguiendo, eso sí, el criterio experto).

Hecho esto podemos presentar nuestra bonita filogenia revolucionaria, aunque no hay que olvidar todas las asunciones que hemos hecho por el camino: 1) Asunción de que la evolución ha tenido lugar dicotómicamente y en forma de árbol (ignorando posibles transferencias laterales de genes). 2) Asunción de que los marcadores moleculares escogidos son representativos de la evolución de la muestra. 3) Asunción de que la longitud del alineamiento es adecuada. 4) Asunción de que las secuencias son realmente homólogas y no parálogas… etc

Creo que vais viendo por dónde voy. La filogenia molecular mola un huevo, sí, pero depende en última instancia de decisiones personales y subjetivas que pueden afectar al resultado ¡como en la taxonomía! Por cierto, cada uno de los programas informáticos usados presenta muchísimas opciones que pueden manejarse y, en la práctica, también se acaban ajustando basándose en un criterio experto.

Eso por no hablar de las muchas ocasiones en las que la filogenia de un gen o de una parte del genoma dice una cosa y otros genes o secciones del genoma dicen todo lo contrario. Esto pasa muy a menudo, por cierto.

Las filogenias también son como los culos: todo el mundo tiene una, o veinte

Una asunción más, quizá la más importante. Nuestra filogenia molecular asume alegremente que las muestras están correctamente identificadas por un taxónomo competente. Es decir, si queremos indagar sobre la filogenia de un grupo de organismos y, por ejemplo, cogemos las muestras de especímenes de un museo, estamos asumiendo que la etiqueta que dice que tal espécimen es un Finstrus duodenalis está en lo cierto y representa la hipótesis taxonómica que queremos testar. Conozco personalmente casos de publicaciones en las que una filogenia molecular trataba de “revolucionar” la posición de un grupo en la taxonomía tradicional. Cuando un taxónomo pidió la muestra de la que se había extraído el ADN, resultó que estaba mal identificada, y por lo tanto esa supuesta “revolución molecular” era falsa (y el resultado de hecho corroboraba la hipótesis clásica). Taxónomo y moleculólogo, por cierto, publicaron juntos una elegante rectificación haciendo énfasis en la necesidad de que los taxónomos debían cerciorarse de la correcta identificación de las muestras para poder hacer un contraste de hipótesis serio.

Esto va más allá de la simple anécdota. Hay estudios escandalosos que afirman, por ejemplo, que gran parte de las secuencias de hongos micorrícicos de GenBank están basados en identificaciones incorrectas. Identificar correctamente con la precisión necesaria para este tipo de estudios es, precisamente, algo que sólo puede hacer un taxónomo.

En resumen: lejos de ser nuestro particular “Silmarillion”, la filogenia molecular se basa igualmente en el “criterio experto” y en “asunciones“. No es infalible y no da soluciones definitivas. De hecho, muy a menudo, se mete la pata hasta el corvejón.

¿A dónde quiero ir a parar?

Nos guste o no, la biología no es la física. Su carácter de “ciencia blanda” nos pide ser un poco popperianos con el planteamiento del problema taxonómico. Puesto que no disponemos de máquinas del tiempo nunca sabremos qué clasificación es “la güena”. En otras palabras: la taxonomía NUNCA estará acabada.

(silencio dramático)

Nunca.

El planteamiento bipolar: “taxonomía morfológica vs. molecular” es incorrecto y pernicioso. No son campos enfrentados sino necesarios el uno para el otro, ya que de la única forma con la que todo el asunto de la clasificación de los organismos cobra sentido y pierde “esoterismo” es al poder contrastar hipótesis completamente independientes en sus planteamientos. Si no hay alternativas, no hay contraste y sólo nos queda el criterio del experto de turno.

De hecho, el planteamiento que he hecho es reduccionista. La aspiración de la clasificación moderna debe ser la de reunir cuantas más pruebas se pueda a favor de un modelo clasificatorio, usando tanto taxonomía clásica como filogenia molecular, pruebas del registro fósil, de la biogeografía, del desarrollo embrionario, etc etc etc. Si el peso de las pruebas es razonablemente bueno, aceptamos el modelo, si no, se sigue investigando.

Sobre las posiciones críticas con la taxonomía: ya he dicho que me parecen razonables y que, evidentemente, la taxonomía debe ser contrastada como todo hijo de vecino. La taxonomía la hacen personas, y como en cualquier disciplina científica está sujeta al fraude y al error, pero desconfiar de ella por el papel del “criterio experto” es injusto, ya que esa es una limitación que no se puede sacudir de encima el “clasificador”, y porque eso no impide que la taxonomía constituya un cuerpo teórico y práctico verdaderamente científico en el sentido popperiano. El taxónomo, al encontrarse un bicho con un cuerno de más no afirma que es una especie distinta porque tiene un cuerno más, sino que tiene un cuerno más porque es una especie distinta (puede o no estar equivocado).

Por último, no deja de sorprenderme que a muchas de las personas que fulminan la taxonomía como disciplina de la que desconfiar, luego se les hace el culo pepsicola con todo aquello que contenga la palabra biodiversidad o con noticias como esta. Señores, biodiversidad ES taxonomía. Detrás de cada guía de campo, de cada flora, de cada manual, hay un criterio taxonómico. Se puede y se debe ser crítico con los malos taxónomos, pero no tiene sentido rechazar la taxonomía en sí.

Para terminar: los taxónomos están en peligro de extinción. Cada vez hay menos gente que quiera pasar por ese proceso de iniciación y de adquisición de ojo crítico. Una pena porque queda mucho por hacer, y como hemos visto es una labor insustituible…

…aunque por otra parte no me extraña, porque la taxonomía es un COÑAZO de mucho cuidado.

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33 thoughts on “Cuento taxonómico tolkiano: moraleja

  1. eulez 5 octubre 2010 / 21:34

    Noooo, que este blog no es de ciencia, que noooo… XD

  2. Copépodo 5 octubre 2010 / 21:53

    ¡P’a un gato que maté!

  3. Raven 5 octubre 2010 / 23:05

    Hoy mismo, mientras seguía descubriendo cientos de términos en la nueva optativa que estoy cursando, términos como: “Fitogeografía evolutiva, geografía botánica histórica ,floristica, corología, fitoceología, fitogeografía y geobotánica….” El profesor dijo “la filogenia molecular nos ayudará a evitar los problemas que la taxonomía clásica tenía, por ejemplo con las homologías y las homoplasias” En ese momento dejé de pensar en la difererencia entre todos esos términos y me acordé de la conferencia que distes en granada, con el “pobre bicho” y su contenido gastrodérmico que le convirtieron por unos días en crustáceo xD

    De todas formas desconozco si la molecular puede evitar problemas con las homologías, y ahora encima después de leer todo eso dudo algo más (que siempre es bueno) Ya que hay que decir que en clase la venden como algo mágico y genial. Lo que me hace pensar en que todo lo que venden como mágico y genial…..

    PD: Lo de los términos se que no viene a cuento, pero es que me han dejado un trauma xD

  4. Xist 5 octubre 2010 / 23:19

    grande Copepodo…

    “la taxonomía es un COÑAZO de mucho cuidado”

    pero contada aqui es una delicia

  5. Xist 5 octubre 2010 / 23:20

    por cierto, a mi no me va el link escondido tras “popperianos”

  6. ALyCie 5 octubre 2010 / 23:21

    Masdejao sin palabras.
    Peazo de tax…ímetro!
    Pero ¿qué digo?
    Pedazo de … de taxómetro!
    Saludos.

  7. Boca Rana 5 octubre 2010 / 23:54

    La taxonomía NO es un coñazo, todo lo contrario.

  8. Biónica 6 octubre 2010 / 0:08

    En nuestro caso, los dendrogramas son todos chulísimos, pero el problema es que (creo), aún no hay consenso sobre dónde poner el punto de corte. Porque como ya te imaginarás, no se puede poner en cualquier lado, y dependiendo de las conclusiones que quieras sacar… Es un aspecto que no me gusta nada, la verdad. Pero sí, es imposible eliminar el sesgo de subjetividad, y mira, no lo había pensado, pero sí que es verdad que como ciencia blanda, toda la vida tendrá estos problemas.
    A pesar de que te pongas a buscar como loco métodos alternativos que eliminen la necesidad de entrenar un ojo experto… siempre hay cosas que no escapan.
    Volviendo al tema de los dendrogramas. Cuando me documenté un poco sobre el tema en Candida, aquello era una locura. No sé cómo irá ahora. Aunque creo que van discutiendo sobre la necesidad de cambiar el nombre a todo el género Candida, ya que como designa la fase sexual…
    Madre mía…

  9. Biónica 6 octubre 2010 / 0:09

    Perdón, quería decir asexual, o anamorfo xD.

  10. Mecacholo 6 octubre 2010 / 9:26

    Aparte de lo ameno, quisiera destacar la frase: “Se puede y se debe ser crítico con los malos taxónomos, pero no tiene sentido rechazar la taxonomía en sí”: exactamente lo mismo pasa con los políticas y la política y con los sindicalistas y el sindicalismo.

  11. fernandoacm 6 octubre 2010 / 9:41

    Es que la vida es un continuo, las posturas supuestamente superadas vuelven a la menor ocasión, la superación del principio de autoridad fue lo que propició el desarrollo científico en el renacimiento, pero evidentemente el juicio del experto siempre se impondrá al del observador vulgar, lo cual nos crea un nuevo tipo de principio de autoridad, la diferencia es que en este caso, se somete (o eso se espera) a la verificación experimental…
    Un problema añadido, es que siempre se parte de posturas preconcebidas (escuelas), el abordaje difiere entre los diferentes observadores y esta confrontación acabará depurando las diferentes posturas, pero mientras se produce esto, la era de la oscuridad se extenderá por toda la Tierra Media…
    Muy bueno todo el post, este y el anterior.
    Pd/ gracias por citarme.

  12. Campanilla 6 octubre 2010 / 11:13

    Chapó, maestro.

  13. Dr. Litos 6 octubre 2010 / 15:00

    Pues muy bien reflexionado. Aunque se nota que te dejas llevar por tu indignación… me explico: a mi ni se me había pasado por la cabeza, que alguien tachase la taxonomía de “ciencia de segunda categoría” o cosas por el estilo. Entiendo la taxonomía molecular como una revolución, en el sentido de que ciertos problemas de la taxonomía clásica no podían llegar a esclarecerse hasta que el material genético se hizo accesible para ser comparado. De ahí a dejar de utilizar las técnicas clásicas… hombre, es un poco radical.

    Experiencia personal: un amigo mío es botánico, y estaba enfrascado en definir una especie, averiguar si era nueva especie, híbrido o yoquesé que rollos. Había comparado todo lo comparable y estaba algo desconcertado, yo le pregunté si no hacían estudios genéticos para salir de dudas, y al final me reconoció que sí, que aunque le tocaba las narcies tenía que recurrir al ADN. Vamos, que como todo en la ciencia, la clave está en la utilización de distintas técnicas, donde una falla otra puede rellenar el hueco.

    Para mi lo más revolucioanrio de todo ésto es poder retrotraerse hasta el origen de la vida o clasificar microorganismos que a simple vista, bueno, a simple vista ni se ven vamos. El ADN está ahí desde el principio de los tiempos, por mucha transferencia horizontal, retrotasposones o su p. madre, la información que nos brinda es crucial.

    El mayor éxito de tu post, creo yo, es señalar los sesgos implícitos en los estudios moleculares, más que defender una taxonomía clásica. Los que hemos hecho árboles de esos y hemos trasteado con los alienamientos sabemos que es más fácil obtener el resultado que buscamos según cómo enfoquemos el análisis, es un tema peliagudo y como digo si uno no tiene algo más en lo que basarse, es tan poco creíble como limitarse a fijarse en si un bicho tiene pelos por encima o no.

    Enhorabuena por decir las cosas sin pelos en la lengua. Hace falta mucha autocrítica para con nuestras técnicas y metodologías, que muchos científicos tenemos un carácter pedantorro subido que da lugar a esas mierdas de “escuelas” y “corrientes”, poco abiertas al intercambio de experiencia y a revisar sus métodos.

  14. cantin 6 octubre 2010 / 17:54

    Me ha encantao, mola mucho el post.
    En mi caso, trabajamos con filogenia molecular y taxonomía clásica a la vez, pero el pilar es la molecular. A mi personalmente, y lo digo muy bajito y sin que me escuchen, trabajar con taxonomía clásica me es más gratificante y ameno, que el trabajo molecular de laboratorio. Pero bueno, la ciencia no es cuestión de gustos…

    Por cierto, me gustaría que me dijeras el caso del moleculólogo que se equivocó identificando la especie que analizó, y del artículo que luego publicó conjuntamente al taxónomo que le corrigió.

    El trabajo de los taxónomos (competentes) me parece brutalmente admirable.

  15. Copépodo 6 octubre 2010 / 19:11

    Raven: Ay sí, lo de los xenoturbélidos es muy divertido también. Pasó por un molusco, lo de crustáceo no habría colado ¡Hay que estar con mil ojos! Entiendo que la gente vea las técnicas sofisticadas como intrínsecamente mejores, pero cuando uno lo ve desde dentro se da cuenta de cómo funcionan las cosas.

    Xist: Yo lo veo bien, me lleva al epígrafe “epistemología” del artículo de la wikipedia.

    Boca Rana: hombre, se me ha calentado la boca, aunque de todas las cosas que he hecho en mi vida, la descripción taxonómica y muy especialmente medir células es una de las más tediosas.

    Biónica: me tienes que contar algún día el asunto ese de Candida. Por lo que dices veo que entiendes bien a dónde quiero ir a parar. Claro que hay resultados más evidentes que otros, pero la gente no es consciente de la cantidad de decisiones que hay que tomar y que no responden a un criterio universal.

    Mecacholo: sí, supongo que sí, aunque creo que los taxónomos saldrían mucho mejor parados en cuanto a profesionalidad y a dar lo que se espera de ellos que los políticos.

    Fernandoacm: jajaja eso es. Hasta que no hemos contado con distintas aproximaciones independientes, cualquier intento de clasificación estaba intrínsecamente cojo. Ahora al menos se pueden verificar los unos con los otros para ir saliendo de la oscuridad.

    DrLitos: no estoy indignado, más bien sorprendido de la “mala fama” de la taxonomía y la falta de sentido crítico que se aplica cuando se habla de filogenia molecular. Mi propósito es precisamente equilibrar la situación considerando las luces y las sombras de cada aproximación y llamando a huir de la bipolaridad que, esta vez sí, me toca un poco las narices (o eres de bota o eres de bata, etc). No hay dos biologías, hay una, y punto. La experiencia de tu amigo se parece a la mía. Yo empecé mi formación con taxonomía a pelo y al final tuve oportunidad de hacer filogenia molecular con mis muestras y me ha salvado la tesis. Trabajar en los dos campos me ha abierto mucho la mente y creo que por eso tengo algo de perspectiva a la hora de entender (¿y explicar?) de qué va esto. Lo que dices de los alineamientos es que es así. Al final todo el mundo los retoca a mano y nadie te da fórmulas mágicas para aplicar en cada caso. Pero ¡ojo! Yo no digo que sea poco creíble, yo sí que acepto el criterio experto en ambos campos como necesario y creíble (aunque quizá no siempre), el problema viene a la hora de justificar científicamente esas decisiones. Como he dicho, creo que siendo puristas no se puede hacer de otra forma más que acumulando pruebas a favor de un modelo.

    Cantin: Por suerte cada vez hay más equipos donde se trabaja con todo tipo de datos. Es lo suyo.

  16. biosfofo 6 octubre 2010 / 21:43

    Esto no me lo leo. Paso. Con lo bien que te había quedado lo friki, ahora me vienes con cosas serias.
    ¡¡Tú no tienes vergüenza!!

  17. Copépodo 6 octubre 2010 / 22:29

    Biosfofo: no sé de qué te sorprendes; el problema ha sido tuyo al generarte expectativas. :-P

  18. Dr. Litos 7 octubre 2010 / 10:13

    Ahí es adonde yo iba, igualmente mi doctorado se salvó por meterme en cosas de bioinformática, ya que la familia de proteínas que estudiaba no tenía vistas de ofrecerme gratas sorpresas a nivel bioquímico o funcional, me metí a alinear secuencias y a estudiarlas desde esta otra aproximación y todo esto me llevó incluso a descubrir otra familia de proteínas diferente, que sí tuvo algo más de chicha (aún le estoy dando vueltas a los últimos datos obtenidos, a ver si nos lo aceptan de una vez!).

    ¡Hay que fusionar la bata y la bota de una vez por todas! Voy a empezar a hacer diseños, en plan superhéroe, a ver cómo queda.

    Y por cierto, no es por nada pero cuando los lectores no-científicos lean cosas como “Ay sí, lo de los xenoturbélidos es muy divertido también…” se quedarán más convencidos aún de que somos unos dementes. No veas cómo suena…

  19. Raven 7 octubre 2010 / 16:27

    Ouch, molusco !

  20. macroinstantes 7 octubre 2010 / 18:25

    Las dos últimas frases lapidarias que citas las he escrito yo (bueno, y Borges), pero es que lo que yo opine de la taxonomía, que ni soy biólogo ni tengo estudios ni ná, debería preocupar bien poco a nadie, por venir de un indocumentado (Borges en cambio sabía un huevo). La verdad es que esos comentarios que hice sobre la taxonomía eran un poco en broma, pero lo que sigue es completamente en serio: A mí lo que realmente me molesta de la taxonomía y los taxónomos, es que tengo en la estantería una guía de las mariposas de Europa de Omega que me costó un dineral y en la que dice que los Satíridos son una familia de Ropalóceros, y ahora resulta que no, que está mal, que son Ninfálidos, porque alguien habrá visto que así es más correcto, digo yo, pero resulta que antes de ser Satíridos ya eran Ninfálidos, y alguien los sacó de la misma familia donde los han vuelto a meter ahora!, y en el nombre científico de casi todas las mariposas, la primera palabra es distinta, osea que está toda la guía mal, pero cuando me la compré estaba bien… y ahora qué hago ¿la tiro a la basura o no la tiro? Porque visto lo visto lo mismo dentro de unos años vuelve a estar correcta… ¿A quien reclamo? Los de Omega ni me han contestao…

  21. biocomplex 7 octubre 2010 / 18:37

    !Hoygan uzted tiene el crack der novo pograma Genoiusssss¡ Mola mazzzo citarlo.

    Bromas a parte. Si tienes razón. Y continuo yo calentando la boca: ¡¡¡¡¡La cantidad de gente que pierde el culo en poner en sus proyecto el palabro Barcoding para sacar adelante muestras olvidadas y hacer algo mola modernoo y cool!!!!!!!! Ey tambien se le puede poner la etiqueta de cambio climático.

    Pero habéis visto que ahora o coges un montón de genes o no haces nada… o incluso ya empiezan a secuenciar moléculas de ADNmitoncondrial enteras…. ¡¡¡!!!

    Cuando se intenta ver especies diferentes por medio del nicho ecológico eso entraría en la taxonomía clásica, ¿no?.

    Ja ja habéis visto los alineamientos según las propiedades tridimensional de la molécula. Mmm poco expertos en poco tiempo :P.

    A cuidarse.

  22. Copépodo 7 octubre 2010 / 23:37

    DrLitos: a los lectores no-científicos los tengo curados de espanto, me temo :-) Varios me han dicho que con estas entradas desconectan y no les culpo.

    Macroinstantes: ¡Te esperaba! Bueno, yo también repetí las frases con sorna (y sacadas de contexto), pero también me puedo poner serio: tu opinión sobre la taxonomía está muy extendida incluso entre biólogos, y no tiene nada que ver con los estudios. Es más, insisto en que son críticas lícitas aunque creo que quizá un poco injustas, ya que el trabajo del taxónomo es muy difícil y no hay garantías de poner el punto y final en una clasificación ni siquiera cuando se hace con todas las garantías de rigor. Mis esfuerzos con este tocho infumable van por intentar defender que clasificar los seres vivos es una labor que nunca se acaba de perfeccionar, pero que NO es arbitraria, que se basa en fundamentos científicos “blandos” que, cuando se contrastan distintas metodologías, suelen tener sentido.

    Ahora bien, a raíz de lo que me cuentas de la guía entiendo mejor por dónde vas y humildemente creo que no lo estás enfocando como debes. Tu problema es de nomenclatura, y no de taxonomía, y no eres el primero que me encuentro que se frustra con los cambios nomenclaturales sin motivo.

    Considerar ninfálidos y satíridos como familias distintas o no se basará en determinados puntos de vistas taxonómicos y posiblemente ni siquiera haya un acuerdo definitivo por lo que dices, pero la consideración que tengan es puramente formal. Tú que estás muy puesto en mariposas sabes que la entidad taxonómica de los satíridos se discute y no está clara, pero ese no es tu problema. Tu guía sigue siendo excelente porque realmente tus únicos problemas son con la nomenclatura, y no tanto por la taxonomía en sí. Tu guía no es mejor ni peor por cambios nomenclaturales, ya que te sigue permitiendo identificar las mariposas tan bien o tan mal como antes. Los nuevos nombres que reciban son los más adecuados para el modelo actualizado, pero no invalidan los “antiguos”. Estos pasan a ser sinónimos, pero un sinónimo no es incorrecto de por sí. Como mucho podrás decir que tu guía no está “a la última”, pero eso no cambia su calidad, sus descripciones, sus ilustraciones, etc. Aunque la mona se vista de seda, mona se queda. Otro gallo cantaría si le faltaran un mogollón de especies, si las descripciones fueran insuficientes, etc, pero que un manual no esté totalmente actualizado nomenclaturalmente es muy habitual y no por ello dejan de ser buenos ni de usarse (incluso entre “profesionales”). Es más, si el cuerpo te pide “estar a la última”, unas pequeñas notas a lápiz para acordarte de los nuevos nombres y sanseacabó. Muchas de mis guías de campo (de insectos, de mariposas, de libélulas y de reptiles) tienen una nomenclatura ya bastante añeja ¿y qué? el lagarto ocelado es el lagarto ocelado, y si empleo su nombre antiguo cualquier herpetólogo sabrá de lo que hablo.

    Biocomplex: propiedades tridimensionales del ADN, codificación de los indels, dataciones… se pueden hacer virguerías, pero siempre hay alguien que decide qué virguería se hace y por qué. Lo que dices del nicho ecológico sería una aproximación distinta (ni taxonomía morfológica ni filogenia molecular) que también debe tenerse en cuenta a la hora de tomar una decisión. Como he dicho antes, cuantos más criterios independientes seamos capaces de reunir, mejor.

    Un saludo a todos, estaré unos días fuera, pero si siguen surgiendo cuestiones sobre el tema estoy encantado de leerlas y responderlas cuando pueda.

  23. macroinstantes 8 octubre 2010 / 3:11

    Buen, lo de la guía iba más en coña todavía, en realidad me la compré por los dibujos… pero ya que te pones serio, me voy a poner serio yo también (espero que esta vez ya no te lo creas)…

    Es un problema de nomenclatura sí y no.

    Que los satíridos sean familia o subfamilia importa bien poco, pero el detalle de que primero fueran A, después se decidiera que B, y ahora se vuelva a decidir que A, siendo que los Satíridos, angelicos, siguen siendo los mismos, ¿cómo se debe interpretar para que no parezca que son modas u opiniones subjetivas de los clasificadores o criterio experto veleta?

    Lo de los géneros, lo mismo, en muchísimos casos los cambios son deshacer cambios previos, como el género Polyommatus, en el que se han vuelto a meter un montón de géneros en los que en su día se dividió, que antes eran subgéneros y ahora otra vez vuelven a serlo.

    Los nombres tienen su importancia más allá de cómo nombrar algo, por ejemplo si influye en temas de conservación. No es lo mismo que la mariposilla azul que vuela en las pedrizas del Veleta sea Plebicula dorylas golgus, una subespecie o raza local de una especie común en toda la Península, que Plebicula golgus, una especie endémica de tres cuadrículas UTM 10x10Km de Sierra Nevada, con una de las distribuciones mundiales más restringidas. Parece tontería, pero lo mismo con un nombre paraliza las obras de ampliación de una estación de esquí, y con el otro nombre, no. Por cierto ahora también es Polyommatus.

    Y eramos pocos, y llegan las criptoespecies, y me dicen que las culebrillas ciegas de Cadiz, no son Blanus cinereus, sino Blanus mariae, pero que son morfológicamente indistinguibles, todo igual, osteologia, folidosis…solo se diferencian en los genes. Después de lo que tu has contado, ¿hasta qué punto son fiables este tipo de especies? No es que lo dude, es que lo pregunto.

    Salud.

  24. biocomplex 8 octubre 2010 / 12:38

    Hola.

    Sí la actividad será incompleta hasta el infinito, o hasta una máquina del tiempo entre los aparatos inservibles de un departamento de investigación.

    Creo que el problema es la velocidad a las que se dan las pruebas por las distintas disciplinas. Lo molecular puede rápidamente hacerte las “filogenias” y decirte posibles “clusters” de especiesl. Que luego en una generación de especialistas taxonómicos morfológicos pueden discernir si es cierto o no tales grupos. Hace poco tiempo salió en la lista ento un artículo con lo que tendría que venir…., la aplicación de robots, o “escaner” para que miren el bicho y rápidamente determinen la morfología… Y en eso estamos lo que se tardan en obtener los datos de la manera tradicional a base de perder dioptrías con la lupa.

    En lo referente a Blanus sp, Macroinstantes… pues yo te digo que trabajo con unos bichos que en la Península son 3 especies prácticamente iguales. Una A, tiene una hilera de pelos en la interestría y B y C no. Luego B y C viven a veces en distintos hospedadores pero ha veces son simpátricos. Y con un la molecular, B y C que son iguales pues se pueden separar, porque aún con datos ecológicos a veces no estoy seguro. Luego ese test molecular de ADN nuclear es a su vez contundente porque tuve que hacer el ADN mitocondrial y también mantenía las diferencias. Luego también B es de zonas más bajas y secas y C de altas y húmedas… Pero en el Norte Peninsular me solapan… Y para más inri… el carácter que los separa de A en un % menor es reversible…. Hay caracteres micromorfológicos que las diferencias…. pero con mi lupa normal para ir deprisa no puedo verlas. Total que los Blanus puede ser dos, una especie o lo que sea… Pero como estamos diciendo siempre con distintas pruebas de distintas disciplinas se vislumbrará el enigma.

  25. Srta. Rottenmeier 10 octubre 2010 / 11:36

    Lo que más me ha gustado es que al final, bueno, más bien al principio, el molecular debe asumir el modelo que el taxónomo le proporciona. Un círculo de lo más curioso. Estas entradas han sido una maravilla!

  26. Hexo 12 octubre 2010 / 2:42

    Yo durante un tiempo tuve en la cabeza la idea de que de mayor sería taxónomo.

    Desde muy pequeño sentía una fascinación especial por los animales. No comprendía por qué tanta. Con el tiempo me he dado cuenta que lo que más me atraía de ellos eran las conexiones que tenían con nosotros y entre ellos. Cuando mi padre me explicaba la taxonomía a mi se me iluminaba una pequeña luz dentro del cerebro, era como descubrir que esas conexiones intuitivas encajaban con una explicación de parentesco.

    Supongo que eso mismo me ocurrió cuando conocí la teoría de la evolución que explicaba esas relaciones. Y aún se enciende esa bombillita ahí dentro cuando leo sobre el tema. Por eso estoy aquí, supongo.

  27. jose, friki 19 octubre 2010 / 2:11

    Los taxónomos se seguirán peleando con los biólogos moleculares. Un debate de ese tipo ha pasado con Ardi, con comentarios diciendo que de acuerdo al reloj molecular el bicho es demasiado antiguo como para meterlo tranquilamente en nuestro linaje, y la otra parte respondiendo que la estimación del reloj molecular debe de estar mal de algún modo porque al fin y al cabo estos huesos se parecen un huevo.

    A propósito de Ardi, con ramidus hay cierta duda porque el chaval es de hace 4.4 millones de años y la división chimpancé-humano está estimada entre 4 y 5 millones de años, según el paper que leas (los que decían 6 o más son viejos); pero Ardipithecus tiene otra especie, kadabba, que es de hace 5.5 millones de años. Si queremos mantener a ramidus en nuestro linaje, entonces a no ser que metamos a kadabba en otra especie, Ardipithecus es polifilético. Como fan de la cladística prefiero cambiarle el nombre a kadabba y tan feliz, o bien quemar toda evidencia de su existencia y salir del edificio por la puerta principal silbando.

  28. Copépodo 19 octubre 2010 / 10:29

    Macroinstantes: no puedo darte respuesta a los casos concretos que planteas. Tienes razón es que son cuestiones importantes, aunque -creo- no tanto por el nombre en sí como por el estatus. Es inevitable que en ciencia haya asuntos donde reine la incertidumbre quizá durante muchos años, eso no se va a poder evitar. No voy a insistir mucho más, yo lo que quería decir es que hay que considerar que estas “vacilaciones” deberían atribuirse a que son temas complejos y no al capricho de los especialistas (aunque haya excepciones), que hacen lo que pueden. Y en serio, una guía de campo, aunque se quede anticuada en nomenclatura, no desmerece en absoluto en calidad.

    Salud

    Jose: Como he dicho son muchísimos los casos en los que la aproximación morfológica y molecular tienen un sentido común. Casos como el que comentas hay muchos, algunos (como la revolución del APG -Angiosperm Phylogeny Group-) muchísimo más relevantes por la cantidad de linajes a los que han afectado, y sin embargo con el paso del tiempo son igualmente aceptados por los taxónomos tradicionales. La rectificación y perfeccionamiento de los modelos es la norma del progreso científico. La confrontación es sana hasta cierto punto, pero de ninguna manera está destinada a perpetuarse para siempre.

  29. Alfie 23 octubre 2010 / 11:46

    Este cuento me suena mucho, y no sé por qué :P

  30. Ecnil 27 octubre 2010 / 13:51

    ¡Maravilloso!

    Que la taxonomía no tenga un Sillmarilion que haga de Biblia, es lo que la mantiene viva, y su única razón de ser. Sobre cuestiones similares discutíamos (también con Popper de fondo) en clases de Enzimología hace unos años. Y es que es difícil sentirse científico, en el sentido rotundo de la palabra, cuando uno asume de manera tan feliz y arbitraria muchas veces.
    Pero hay maneras de formarse un criterio, dentro de un marco acotado de probabilidades. Y si no… Se hace lo que se puede oiga!

  31. seudobiologa 10 diciembre 2010 / 6:22

    me gusto mucho, y es q es cierto, no sirve d nada pelearse y ver quien tiuene la razón, lo importante es buscar la verdad

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